O Centro Educacional Ágape tem sua origem no Educandário Evangélico, fundado em 1958, pela Igreja Evangélica Independente, que funcionava como um trabalho social da igreja. Após vinte anos de inatividade, surge nesse espaço físico anexo à Igreja, em 1993, o Centro Educacional Ágape, expressão da vontade do pastor Cleófas Santana, sob a direção das professoras Maria José Pinto e Marlete Pinto de Sá.
A escola prestava serviços educacionais para os níveis de Educação Infantil e ensino fundamental da primeira à quarta série, mediante o pagamento de mensalidades dos educandos, atuando dessa forma por cinco anos, autorizado pela Resolução nº 320/95/CEE, até que encerrou suas atividades por motivos financeiros.
Em 1999 a igreja firmou convênio com a Prefeitura de Aracaju, através da Secretaria Municipal de Educação de modo que a escola pudesse oferecer serviços pedagógicos públicos e gratuitos. Tal convênio foi celebrado no dia 28 de janeiro de 1999, conforme o documento de Convênio – T 028/99 o qual determinava que a Igreja deveria ceder o prédio junto com o mobiliário e a prefeitura providenciaria funcionários, merenda escolar e demais materiais.
No ano de 2006, o convênio foi desfeito e a Prefeitura alugou o prédio à Igreja, segundo o contrato de locação nº 37/2006, assumindo inteiramente os gastos com a escola que passou à categoria de “escola própria da Rede Municipal de Ensino de Aracaju”.
Ainda em 2006 a escola implantou o ensino fundamental de nove anos, de acordo com orientações da Secretaria de Educação; posteriormente em 2010, o ensino de educação infantil foi transferido para a EMEI Professora Quintina Diniz, mediante acordo verbal mediado pela SEMED e, atualmente, a Escola Ágape oferta o Ensino Fundamental, anos iniciais, do primeiro ao quinto.
Através da resolução 02/2015/ CONMEA, aprovada em 26/02/2015, a Escola teve seu Ensino Fundamental Menor autorizado e, em 2016 passou a se chamar Escola Municipal de Ensino Fundamental Ágape – EMEF Ágape.
A manutenção do nome “Ágape” - “o amor de Deus para com todos os seres ; aquele que procura o bem e a paz para todos os seres humanos”, muito nos alegra porque realmente buscamos vivenciar a paz, o bem e ensinar aos nossos alunos a importância de uma sociedade na qual o respeito, o amor fraterno realmente existam como base, e sejam mantidos valores éticos e morais que propiciem uma convivência harmônica e justa entre todos os povos, raças e segmentos sociais.
A clientela a que atende é composta de alunos oriundos do próprio bairro onde a Escola está inserida, de bairros circunvizinhos (América, Dezoito do Forte, por exemplo), mas também de bairros mais distantes como Santos Dumont, e de outras cidades, destacando-se Nossa Senhora do Socorro.
A EMEF Ágape, dessa forma, busca aproximar a sociedade em que está inserida do conhecimento científico que proporciona, ao garantir acesso a todos dentro das limitações do seu espaço físico, cumprindo o que determina o Art. 205 da Constituição Brasileira, de 1988, que diz: “A Educação, direito de todos e dever do Estado e da família, será promovida e incentivada com a colaboração da sociedade, visando ao pleno desenvolvimento da pessoa, seu preparo para o exercício da cidadania e sua qualificação para o trabalho.”