Nascida no bairro Coroa do Meio, inicialmente esta Unidade de Ensino foi criada para suprir a necessidade de espaço da EMEF Presidente Juscelino Kubitschek, situada no mesmo bairro e, à época não tinha condições de absorver a demanda educacional de alunos da comunidade, prioritariamente crianças entre 06 e 09 anos, ou seja, para atender ao fluxo dos 1º aos 2º anos, que estavam fora da escola.
Foi solicitada a Secretaria de Educação, pelo diretor da EMEF Presidente Juscelino Kubitschek, a autorização para procurar um espaço, no bairro, onde pudesse ser colocada essa escola. Em fevereiro de 2009, em virtude do aumento da demanda e da necessidade da comunidade, o Senhor Prefeito de Aracaju, assinou o Decreto nº 2116 de 18 de fevereiro de 2009, criando uma nova EMEF, denominada Professora Núbia Marques, situada a rua Manoel Andrade, nº 1745, bairro Coroa do Meio. A Unidade, funcionou inicialmente, com 05 turmas de 1º anos; 04 turmas de 2º anos. Atualmente tem como órgãos mantenedores o MEC, a Prefeitura de Aracaju e a Secretaria Municipal de Educação de Aracaju e funciona com 26 turmas do 1º ao 5º ano, 2 turmas do AEE, nos turnos matutino e vespertino sendo considerada pela comunidade como um dos grandes estabelecimentos de ensino do município, justificando a homenagem feita a sua patronesse.
Foi escolhido o nome da professora e escritora Núbia Marques no intuito de fazer uma homenagem a mulher que nasceu em Aracaju em 21/12/1927 e que considerava como "vício" a arte de escrever poesia, sempre atuando nos estudos de comunidades, de mulheres trabalhadoras e de igualdade de gênero, lutando em prol dos direitos da mulher. Tendo atuado nas lutas a favor da anistia e Diretas já!
Graduada em Serviço Social, mestra pela PUC de São Paulo, foi professora da Universidade Federal de Sergipe, poeta de inquestionável talento literário, romancista, ativista política. Tornou-se a primeira mulher a vencer o tabu da Academia Sergipana de Letras em 1977. Grande mulher, cujas principais características são "rebeldia e irreverência". Em suas horas vagas, costumava pintar, participando de algumas exposições de suas telas. Faleceu em 26 de agosto de 1999, vítima de infarto.
