A EMEF Prof. Diomedes Santos Silva foi fundada diante da necessidade de ampliação de vagas de matrícula na região do Santa Maria. Inicialmente funcionava no prédio onde hoje é a EMEF Arthur Bispo do Rosário, como anexo I da EMEF Prof. Laonte Gama da Silva, que na época era a única escola da Rede Municipal de Ensino Regular da 1ª a 8ª série do antigo Ensino Fundamental deste bairro.
Através do Decreto nº 19, de 22 de janeiro de 2002, no intuito de prestar atendimento à demanda existente na área de educação do bairro Santa Maria, a Secretaria Municipal de Educação de Aracaju alugou um prédio amplo, antes destinado para uma madeireira, onde nos encontramos instalados atualmente, convidou a professora concursada, Vera Lúcia dos Santos, para assumir a direção, realizou alguns ajustes na estrutura física do espaço e criou a EMEF Prof. Diomedes Santos Silva, nome escolhido em homenagem ao professor e sindicalista fundador do SINDIPEMA (Sindicato dos Profissionais do Ensino do Município de Aracaju).
Com a criação da nova escola, o anexo I foi fechado e os alunos que lá estudavam foram transferidos para esta nova Unidade de Ensino. Diomedes Santos Silva nasceu em 17 de outubro de 1955. Filho de uma dona de casa, a dona Maria, e de um operário maquinista da Leste, seu Nelson, recebeu o nome de Diomedes Santos da Silva. Cresceu e estudou em escola pública, na periferia da capital. Carregava com ele a indignação da vida tolhida, cerceada, torturada e morta pela ditadura militar. Seu pai militava no movimento sindical dos ferroviários e por conta de sua participação política foi perseguido e chegou a ficar, por dias, desaparecido, durante o Golpe Militar de 1964.
Militante ativo e combativo, Diomedes abominava o autoritarismo. Defendia, arduamente, a democracia direta, participativa, o diálogo, a transparência, o direito à voz e ao voto, o debate ético e respeitoso, ancorado no pensamento e prática de um dos maiores educadores de todos os tempos: Paulo Freire. O professor Diomedes, teve relevante papel na luta pela fundação das duas mais importantes entidades dos professores em Sergipe: o SINDIPEMA, sindicato do Magistério de Aracaju, e do SINTESE. Faleceu aos 37 anos em 03 de agosto de 1993.